10月12日，由國家衛生計生委、科技部、國家食品藥品監督管理總局、國家中醫藥管理局、中央軍委后勤保障部衛生局共同制定的《關于全面推進衛生與健康科技創新的指導意見》發布。在當天國家衛生計生委舉行的例行新聞發布會上，國家衛生計生委科教司司長秦懷金表示，《指導意見》重在改革體制機制、鼓勵科技創新，以激勵科研人員。
秦懷金表示，《指導意見》提出，對不同研究領域的人才采取不同的評價制度。基礎醫學等研究領域以同行評價和科學價值評價為主，評價重點從成果數量轉向質量、原創價值和學術貢獻等，建立以論文質量及發表引用、專利數量為主的評價標準；臨床醫學、公共衛生等應用研究領域以實現國家目標和社會價值評價為主，注重技術轉移和科研成果對診防治等服務的影響評價，建立以研發能力、實際貢獻、轉化應用、技術服務、健康改善和產業發展等為導向的評價標準。改革薪酬和人事分配制度，逐步提高科研人員的基本工資保障水平和基礎性績效工資水平。探索對科技人員實施股權、期權和分紅激勵，提高主要發明人收益比例。
秦懷金表示，《指導意見》明確提出，國家科技創新出臺的所有激勵政策，都適用于醫療衛生機構和醫務人員。此外，突出醫療衛生機構在整個衛生與健康科技創新體系中的主體地位，進一步突出醫療衛生機構創新資源聚集平臺的作用，重點開展臨床診療標準規范、重大產品技術研發及重大疾病防控策略等研究。
秦懷金表示，我國臨床醫學研究相對薄弱，重大疾病診療的本土證據缺乏，一些疾病的診療指南還依靠國外循證醫學制定，重大疾病診療水平仍需提高。為此，《指導意見》特別提出，要加強臨床醫學研究，把臨床醫療資源變成臨床研究資源，通過臨床研究提高醫療服務能力。要加大臨床醫學研究投入，積極爭取設立專門面向臨床研究的科研計劃和項目；要加強臨床醫學研究中心和協同研究網絡建設，充分發揮醫療機構在需求提出、研究組織、成果轉化應用和人才培養中的核心作用；要加強臨床研究資源的整合共享，組織多中心和協同攻關研究；要努力打造臨床研究創新團隊，加強臨床醫學研究隊伍建設。
《指導意見》強調，要高度重視推動中醫藥科技創新，充分發揮中醫藥在重大疾病防治領域的優勢特色，重點解決中醫藥臨床難題以及制約中醫藥療效發揮和提高的瓶頸問題等。