醫保總額預付自從實施以來，通過一套行政性的獎懲體系在各級醫院內部進行指標量化，從而取得了很好的總體控費的效果。但是，醫保總額預付受制于當前體制的困境和自身運營能力的薄弱，目前仍難以應對醫療費用過快增長的挑戰，急需配套政策和措施跟進，以化解當前的控費挑戰。
在醫保總額預付的制度下，所有的醫療機構，尤其是大型醫療機構，都不僅在全年花光所有的醫保額度還往往要超出一部分，情愿到年底推諉醫保病人，只接受自費病人。這種情況的出現是總額預付的副產品，也制約了總額預付在控費上的實際效果。因為，在總額預付體制下，一家醫院如果到年底還沒花光所有的醫保額度，有可能第二年就會被要求調降醫保總額，這對于大醫院來說是無論如何不能接受的，一旦接受就意味著醫院營收將出現下降。
因此，對于大醫院來說，不僅每年的指標要用足，最后一個月的醫保病人的收入也可以放棄，但一定要爭取第二年的醫保總額擴容，這樣才能保證自身的增長能持續。總額預付雖然在總體上控制了醫療開支的過快增長，但無法限制大醫院的擴張，而且也造成了醫院的醫療浪費和小病大治，更使得醫療成本控制很難落實。對大醫院來說，既然要用足醫保額度，自然就不能考慮自身的成本，即使虧損也要做大營收，至于盈利根本不是其考慮的核心問題。
一方面，現在隨著部分中西部地區的醫保穿底，醫院推諉醫保病人的事件日益增多。另一方面，隨著藥占比和藥品加成的取消，醫院做大分母的動力越來越強，醫保開支不減反增。這對于醫保總額預付不能不說已經形成了一定的挑戰。因此，要進行有效的醫療控費，醫保總額預付的配套政策勢在必行。
自從2015年以來，藥品加成取消和藥占比下降到30%以內的硬指標對公立醫院形成了較大的政策制約，本來能夠進行一定的醫療費用控制。但公立醫院一方面通過做大檢查等方法將醫院營收增大來規避藥占比，另一方面，通過自己在外開設零售藥店將處方流向指定藥店，從而規避政策并做大自身，這使得政策的效果大打折扣。要改變這一現狀，必須配以醫保的精細化管理和醫院的成本考核。
醫保的精細化管理挑戰已有多年，但整體實施卻面臨較大難點，主要的困境來自工具和服務能力的缺乏。工具的匱乏主要源于中國醫療服務標準和規范的實施困境。由于長期以來，中國醫療服務事實上是依靠產品盈利，這使得服務的價值無法被有效的認可，所有的標準和規范都依附于產品之上。控費的工具就無從在服務上下手，所以只能砍藥價和控制檢查費用。但是單純的削減產品費用是無效的，因為醫生可以加大使用量。藥占比的配套政策雖然表面有效，但正如上文分析的，規避的方式也有好幾種，還是無法很有效的控費。
其次，服務能力的匱乏也制約了醫療控費的展開。醫保的服務能力欠缺同樣來自基于臨床路徑的服務標準的欠缺，從理論上來看，目前正在推廣的DRGs雖然能在住院領域有效的進行控費，但由于醫生目前的經濟動力依然來自產品而非服務，如何有效的防止醫生小病大治和推諉病人就成為了DRGs推廣過程中服務能力的考驗，如果不能有效的監管醫療行為，DRGs的展開仍將受到很大的制約。
因此，對于控費來說，如果醫生的經濟動力仍然來自產品，支付體系對其服務的價值不能提供合理的報酬，那么醫生就很難有動力去通過服務效率和價值來改變自己的行為，控費的深入也仍舊非常具有挑戰性。
而對于醫院的成本考核來說，無論是總額預付還是藥占比都沒有設定相關的指標，目前在部分省市推行藥品耗材比的硬指標可以看作是對醫院成本的一個真正的干預。但是，醫院依然可以通過做大分母的方式來對抗這一政策要求。如何讓醫院真正的去考慮自身的成本而不僅僅只關注營收是需要政策來做更多的指引的。對一個理性的機構來說，無論是營利性機構還是非營利性機構，盈利是第一位的而非擴大營收，但由于公立醫院考評體系和醫院行政化的影響，醫院管理層更多的不是考慮如何經營好一個機構，而是鋪大攤子好有更多的話語權。因此，對醫院成本考核仍需要綜合性的政策來推動。
總體而言，醫保總額預付在控費上正面臨著較大的挑戰，如何有效進行控費仍需多方的推動從而帶動整體醫療服務市場的轉變。